在留申請とは何か

入管法に則って外国人が「短期滞在」以外の在留資格で我が国に上陸しようとする場合に、法務大臣があらかじめ在留資格に関する上陸条件の適合性を審査し、その外国人の行おうとする活動の在留資格該当性を証明する文書を発給できることを定めています（在留資格認定証明書交付申請）。
日本に上陸しようとする外国人が、日本において行おうとする活動が上陸のための条件(在留資格該当性・基準適合性の要件)に適合しているかどうかについて法務大臣が事前に審査を行い、この条件に適合すると認められる場合に交付されます。

査証（＝ビザ）
日本に入国しようとする外国人の入国・滞在が差し支えないことの判断を示すものです。査証だけでは入国（滞在）許可を保証するものではなく、空港又は海港における上陸申請のための要件の１つとされています。外務省から発行されるものです。

在留資格
外国人が上陸許可または在留許可を受ける場合に該当しなくてはならない入管法で定められている資格です。
外国人は在留資格のことを「ビザ」と言うことも多いため「ビザ」なのか「在留資格」なのかを区別することが必要となります。
「ビザ（この場合の意味は在留許可）の延長はどうすれば？」
「ビザ（この場合の意味も在留許可）の延長を拒否された事は納得がいかない。」
といった問い合わせを外務省に（法務省に対してではなく）寄せてくる方が少なくありません。
不十分な知識や誤解がもとで入国の際にトラブルに至る事例も散見されます。
（外務省WEBサイトより）
⇒日本に上陸、在留する外国人は「出入国管理及び難民認定法」で定められたその他含む在留資格のいずれかに該当します。

入国・在留する為に必要なもの

・在留資格
・在留カードもしくは特別永住者証明書(短期滞在を除く)
・パスポート
・各資格取得に伴う必要書類　⇒各申請ポイント参照

入国・在留するにはどうすれば良いのか

在留資格認定証明書交付申請を地方入国管理局に提出します。 基本的な流れは上記になります。
代理人は在留資格によって、異なりますが、外国人本人の日本にいる親族や、雇用契約を結んだ会社の職員などがなることができます。

日本の入国管理局から在留資格認定証明書の許可を取得したにもかかわらず、海外現地の在外公館でのビザ申請手続きでビザが発給されないというケースがあります。

「在留資格認定証明書」は法務省で許可されたものであり、在外公館でのビザの手続きは外務省の管轄であるため、在外公館における査証(ビザ)審査の過程で事情変更があった場合には証明書を所持していてもビザの発給は受けられないことになります。
例：就労先の会社が経営不振に陥り採用を中止した
　　偽造された書類を提出して同証明書の発給を受けたことが判明した